許多人以為微波爐產生的電磁波，容易使食物產生有害物質或殘留放射性的物質，對人體產生毒性或致癌性。事實上，至今除了因微波食物加熱不均勻，而造成民眾咽喉燙傷的案例之外，尚未有實驗證明微波食品的毒性作用。
甚至有不少研究指出，從營養成分來看，微波烹調可以保留較多的營養素、產生較少的毒性物質。微波爐的原理正是利用電能轉為微波所產生的高能，微波的高頻率及高滲透性，使得食物加熱速度快，因而能保留較多的營養素。尤其是蔬菜，它利用蔬菜本身的水分去導熱，不會發生營養素流失的問題，像是維生素C、硫化物、酚類化合物等水溶性營養素遠比水煮、汆燙時保留更多。
雖然用微波爐加熱食物很方便，醫師並不建議用微波爐烹調調理包或微波食品，原因是這類即食食品通常含有較高的油、鹽、糖分，不然就是自己再多搭配一些蔬菜，讓營養比較均衡。
另外，醫師也提醒，微波爐加熱食物最好以「漸進式加溫」的原則使用微波爐。例如，如果加熱一份蔬菜需要2分鐘，就先加熱1分鐘，攪拌一下之後，再加熱1分鐘到需要的溫度。漸進式的加熱，既不會讓食物因為過熱而產生有毒物質，也能幫助食物受熱均勻。而為了避免加熱過程中色料、毒素溶出，盛裝食物的器皿最好選擇瓷器或是玻璃盒，切忌使用塑膠、美耐皿，或是有顏色、有金屬邊的容器微波，更不可在上面蓋層保鮮膜。